Michael Thornton, agent gouvernemental en service depuis peu, se retrouve en possession d'informations qui auraient du lui rester inconnues. Le joueur incarne donc l'espion à présent traqué aussi bien par ses anciens ennemis que par ses alliés d'autrefois. On promet chez Obsidian Entertainment un côté RPG très poussé, que ce soit au niveau du système d'évolution du personnage, des embranchements disponibles (chaque action du héros étant censée avoir un impact sur son monde ou sur son comportement futur) ou des possibilités de role-play. En effet, le Dialogue Stance System devrait permettre, en maintenant un bouton enfoncé, de modifier en temps réel l'intonation et le registre de langage de Thornton. Particulièrement discret jusqu'à présent, Alpha Protocol est toutefois attendu dès février prochain sur PlayStation 3, PC et Xbox 360.